1)書證形式有瑕疵。比如，有個別當事人的結婚證是通過親朋好友的關系辦理的，當事人并未親自到場;或者，結婚證根本就是花錢買回來的，根本不具備法律效力。這樣，在處理案件時會引起一系列的問題。目前，出現此類問題的地域主要在內地中、小城市或農村，在上海基本沒有遇到過此類情況。
2)書證內容有瑕疵，甚至重大缺陷。比如離婚協議。按一般規定，離婚協議應該包括三項內容，其一，夫妻離婚的合意;其二，的合意;其三，問題的合意。約定的內容應該明確具體，具有可操作性。但當事人往往重視不到問題的根本，疏忽基本內容的完整及可操作性，導致協議無效。比如，有的離婚協議在財產問題上寫道：“一人一半”。這樣寫好像已經很具體明確了，但其實是存在很多問題。比如，夫妻共同財產有哪些?銀行存折有哪幾種有多少錢?家具、電器如何分?總不能一人一半吧!只是這樣簡單籠統地寫上去了，如果一方故意有所遺漏，很難根據的相關規定追究其故意隱匿財產的責任。再如，有的當事人約定，“一方如果對另一方不忠，所有共同財產歸另一方所有”。那么，什么是“不忠”?如果劃分“不忠”的標準就是一個模糊的概念，可能由于約定不明導致這個條款無效，過錯方受不到應有的懲治等等。
在應用書證時，應該注意以下問題：
1)提交的書證注意與其他證據形成鏈條，一起補強所要證明的事實。比如，女方欲證明2月14日晚上，男方與第三者幽會，卻謊稱在昆明出差，現在的書證有：
(1)男方2月14日晚九時的上海強生出租公司的車票，證明男方當晚在上海，并非在昆明;
(2)女方提交的當事人陳述，證明該日晚十點鐘打電話給男方時，男方極不耐煩，以手機快沒有電為由，急于掛電話;
(3)女方同事的證言，證明當晚八時許在上海某酒吧看到男方與一女性在一起;
(4)女方提交的2月15日的手機錄音，證明次日男方仍欺騙其在昆明;
(5)女方的同事證言，證明2月15日其向男方單位打電話，男方接聽了電話，證明男方當時就在單位。
(6)女方父母的證言，證明2月13日，女方父母也聽到男方說要去昆明出差。
(7)某酒店的住宿發票，證明2月14日晚男方在此住宿。
(8)某酒店前臺小姐的錄音，證明2月14日晚，男方是與一女子同時入賓館房間的。
在以上證據中，若僅憑第一份書證，即2月14日晚九時的出租車票，以及第7份證據，住宿發票，證明男方與其他女子一起關系曖昧，顯然是不夠充分的，但如果與其他證據一起形成了證據鏈條，證明力大大增加，法院采信的機率也會大大增強.
